有机菠菜的种类很多，按种子形态可分为有刺种与无刺种两个变种。它的栽培难度大，病虫害也是难以控制，其病虫害防治方法如下：

菠菜主要虫害有：地下害虫、甜菜夜蛾、蚜虫、斑潜蝇、蜗牛等。前茬收获后翻耕10～20厘米，施足腐熟有机肥作基肥。

加强田间管理，及时清除病株和失去功能的病残叶片，改善田间通风透光条件。适时浇水，禁止大水漫灌，雨后及时排水，控制土壤湿度。用灭蝇纸诱杀潜叶蝇成虫，每亩设置15个诱杀点诱杀。或悬挂30厘米×4 0厘米大小的橙黄色或金黄色黄板涂黏虫胶、机油或色拉油，诱杀潜叶蝇、蚜虫。或用银灰色地膜驱避蚜虫。用人工捉拿甜菜夜蛾幼虫、菜青虫等。用1%苦参碱水剂600倍液或鱼藤酮喷雾，或用草木灰浸泡后的滤液叶面喷雾防治蚜虫，沼液或堆肥提取液也可用来防治蚜虫。在甜菜夜蛾卵孵化盛期用8000IU/微升苏云金杆菌可湿性粉剂200倍液喷雾防治。采用防虫网防虫效果最佳。

主要病害有：立枯病、炭疽病、白斑病、枯萎病、霜霉病和病毒病。因菠菜生长期短，病害很少发生，主要通过合理的轮作和间作、 合理施肥和灌溉、中耕除草、施用无菌有机肥等农业防治法，或利用微生物制剂防治病害。发现病害后，及时摘除病叶、老叶或整株病残体清扫干净，集中深埋或烧毁，减少病原菌基数。